El Área de Gestión Institucional, es un Órgano de Línea, con competencia en las siguientes funciones:

• Adecuar la política y normatividad de gestión institucional del Sector Educación, a las características y necesidades locales y a los objetivos del desarrollo educativo y supervisar su aplicación.
• Asesorar a las Instituciones Educativas en la elaboración y aplicación de los instrumentos de gestión institucional: planes, proyectos, presupuestos, reglamentos y otros que impulsen el proceso de la modernización y descentralización.
• Dictaminar sobre la creación, modificación, traslado, clausura, receso o reapertura de Instituciones y Programas Educativos, de acuerdo a lo estipulado en el Decreto Legislativo Nº 882.
• Identificar las necesidades de incremento de plazas docentes y administrativas  y, realizar las acciones de racionalización pertinentes.
• Apoyar  las acciones de medición de la calidad de la educación que ejecuta la Sede Central del Ministerio de Educación.
• Apoyar la capacitación en gestión del personal directivo y administrativo de las Instituciones y Programas Educativos.
• Promover y proponer la suscripción de convenios y contratos en materia de gestión institucional.
• Emitir opinión técnica en aspectos de su competencia.
• Modernizar los sistemas de información y elaborar la estadística y los indicadores educativos necesarios para el mejoramiento de la gestión.