El Órgano de Control Institucional está constituido por la Auditoria Interna y se encarga de programar, ejecutar y evaluar las actividades de control referidas a la gestión administrativa y financiera, y de efectuar las investigaciones en las diferentes Áreas de la Unidad de Gestión Educativa Local Nº13 Yauyos  y las Instituciones Educativas bajo su jurisdicción.  Sus funciones generales son:

• Ejercer el control interno posterior a los actos y operaciones de la entidad, sobre la base de los lineamientos y cumplimiento del Plan Anual de Control, a que se refiere el Artículo 7º de la Ley y el control externo a que se refiere el Artículo 8º de la Ley, por encargo de la Contraloría General
• Efectuar auditoria  a los estados financieros y presupuestarios de la entidad, así como a la gestión de la misma, de conformidad con los lineamientos que emita la Contraloría General.
• Ejercer el control preventivo en la entidad dentro del marco de lo establecido en las disposiciones emitidas por la Contraloría General, con el propósito de contribuir a la mejora de la gestión, sin que ello comprometa el ejercicio de control posterior.
• Remitir los informes resultantes de sus labores de control tanto a la Contraloría General como al Titular de la entidad y del sector, cuando corresponda, conforme a las disposiciones sobre la materia.
• Promover la capacitación permanente del personal que conforma el OCI, incluida la Jefatura, a través de la Escuela Nacional de Control de la Contraloría General o de cualquier otra institución universitaria o de nivel superior con reconocimiento oficial en temas vinculados con el control gubernamental, la Administración Pública y aquellas materias afines a la gestión de las organizaciones.
• Mantener en reserva la información clasificada obtenida en el ejercicio de sus actividades.

El Órgano de Control Interno está integrado por lo siguiente: